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科研進展

李典范研究組合作揭示磷脂合成關(guān)鍵蛋白甘油3-磷酸脂酰轉(zhuǎn)移酶的作用機制

來源: 時間:2020-03-18
        11月22日,中國科學(xué)院生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所李典范研究組和上??萍即髮W(xué)趙素文研究組合作在Nature Communications上發(fā)表了最新研究成果“Structural insights into the committed step of bacterial phospholipid biosynthesis”,解析了PlsY蛋白與底物、產(chǎn)物的共結(jié)晶高分辨率結(jié)構(gòu),提出一個全新的“底物協(xié)助催化”的脂酰轉(zhuǎn)移機制。
 
        所有生物的磷脂合成的第一步都是由一個脂酰轉(zhuǎn)移酶將脂酰基轉(zhuǎn)移到甘油3-磷酸上,形成溶血磷脂酸。在細(xì)菌中,PlsY催化該步驟。PlsY蛋白是一個多次跨膜蛋白,不存在真核同源蛋白,而且,與已知的脂酰轉(zhuǎn)移酶不同,PlsY不使用acyl-CoA或者acyl載脂蛋白作為脂?;w,而是采用脂酰磷酸作為供體。
 
        本研究應(yīng)用脂立方相結(jié)晶技術(shù),解析了PlsY的高分辨率結(jié)構(gòu)至1.48埃。同時,該研究還解析了PlsY與兩個底物(甘油3-磷酸、脂酰磷酸)以及與兩個產(chǎn)物(溶血磷脂、無機磷酸)的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。通過結(jié)構(gòu)分析,研究人員提出“底物協(xié)助催化”機制,即脂酰磷酸激活了甘油3-磷酸的羥基而引發(fā)親核攻擊,生成產(chǎn)物。與已知的脂酰轉(zhuǎn)移機制不同的是,PlsY介導(dǎo)的催化不需要組氨酸作為Schiff堿,糾正了文獻(xiàn)中的錯誤認(rèn)識。此外,該研究建立了一個基于脂立方相雙層膜的酶學(xué)分析方法,通過一個“無機磷酸檢測器”蛋白的熒光變化,測定了PlsY在該膜性介質(zhì)中的活性,并設(shè)計多種生化實驗和突變體對所提出的新催化機制進行了驗證。上??萍即髮W(xué)趙素文課題組通過計算手段印證了該催化機制。
 
        李典范組實驗員李振建和研究生湯艷楠是本文的共同第一作者。該研究工作得到了中科院、基金委以及上海市科委等的經(jīng)費支持。
 
        文章鏈接

    PlsY的結(jié)構(gòu)與催化機制。(a)兩個底物在PlsY酶活性中心的相對位置。(b)“底物協(xié)助催化”機制。文獻(xiàn)中認(rèn)為組氨酸對甘油三磷酸進行去質(zhì)子化繼而引起酸堿催化反應(yīng),但結(jié)構(gòu)顯示組氨酸177與sn-1位羥基距離太遠(yuǎn),不可能進行去質(zhì)子化。組氨酸的這一功能由底物脂酰磷酸的磷酸頭部部分完成,因此被稱為“底物協(xié)助催化”。需要說明的是,兩個底物來自兩個不同的結(jié)構(gòu)。

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