7月13日，國(guó)際學(xué)術(shù)期刊 Nature Protocols 在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心陳玲玲研究組的最新文章“Screening circular RNAs with functional potential using the RfxCas13d/BSJ-gRNA system”。該研究工作詳細(xì)介紹了研究組近期建立的基于CRISPR–Cas13技術(shù)的環(huán)形RNA篩選新方法。

　　環(huán)形RNA是一類共價(jià)閉環(huán)的單鏈RNA，細(xì)胞內(nèi)大多數(shù)環(huán)形RNA是由mRNA前體的外顯子通過(guò)反向剪接形成。除反向剪接位點(diǎn)（BSJ）外，環(huán)形RNA在序列上與其同源的線形RNA在一級(jí)序列上完全一致，因此，在研究環(huán)形RNA功能時(shí)如何將其與同源線性RNA的功能區(qū)分開(kāi)來(lái)是領(lǐng)域中的一個(gè)難題。陳玲玲研究組前期開(kāi)發(fā)并優(yōu)化了基于CRISPR–Cas13的RNA編輯技術(shù)，能夠特異性敲除靶標(biāo)環(huán)形RNA,而不影響其同源線性RNA的表達(dá)，并成功應(yīng)用在環(huán)形RNA的大規(guī)模功能篩選上（Li et al., Nature Methods, 2021）?；贑RISPR–Cas13在環(huán)形RNA功能研究上的技術(shù)突破，研究組受Nature Protocols期刊邀請(qǐng)?jiān)敿?xì)介紹該技術(shù)的實(shí)驗(yàn)方法和流程，以期推動(dòng)該技術(shù)在環(huán)形RNA功能研究領(lǐng)域的應(yīng)用。

　　在該實(shí)驗(yàn)方法中，研究人員詳細(xì)描述了針對(duì)環(huán)形RNA BSJ位點(diǎn)的前導(dǎo)RNA (gRNA)文庫(kù)設(shè)計(jì)和構(gòu)建，RfxCas13d穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞系構(gòu)建，細(xì)胞水平和體內(nèi)水平的功能性環(huán)形RNA篩選以及篩選結(jié)果的計(jì)算分析流程等等。研究人員也對(duì)實(shí)驗(yàn)過(guò)程中可能遇到的問(wèn)題以及注意事項(xiàng)進(jìn)行了詳細(xì)闡明。該方法不僅為環(huán)形RNA的功能研究提供助力，也為深入理解環(huán)形RNA奠定新的技術(shù)基礎(chǔ)。

　　分子細(xì)胞卓越中心原副研究員李斯琪、副研究員烏皓為本研究論文的共同第一作者，陳玲玲研究員為本論文的通訊作者。該項(xiàng)工作得到了來(lái)自科技部、中科院和基金委的經(jīng)費(fèi)支持。

　　文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41596-022-00715-5 

基于CRISPR–Cas13技術(shù)的環(huán)形RNA功能篩選流程